Estos son los pasos que segui:

1. Bajar lo necesario (que es lo mismo que indicas en el articulo original, en el caso de SWFTools la version Beta)
2. Copiar los archivos a sus lugares, que aca si cambio un poco:
- swftools a la carpeta “modules”
- crear una carpeta llamada “libraries” en “Sites\all\”
- copiar la carpeta “swfobject” en “libraries”
- copiar la carpeta “flowplayer3″ igualmente en “libraries”, igualmente bajar los pluggins y copiarlos en esta carpeta
3. En “admin/build/modules” igualmente habilitar SWF Tools, FlowPlayer 3 y SWFObject2.
4. En “admin/settings/swftools/flowplayer3″ revisar los nombres de archivo y poner los correctos (los cambie de 3.2.6 a 3.2.7 y puse el nombre del archivo en la parte de controles)
5. En “admin/settings/swftools/embed” lo mismo que indicas
6. En “admin/settings/swftools/handling” todo a FLowPlayer3
7. En Formatos de entrada lo mismo que indicas
8. En lugar de ahora se usa [], asi que en lugar de poner hay que poner [swf file='mivideo.flv']
9. Registre el tipo FLV como Mime en IIS:
- Seleccionar elsitio y dar click derecho, seleccionar “Propiedades”
- En HTTP Headers, seleccionar “File Types” y en MIME Map seleccionar “New Type”
- Escribir “.flv” como la extension y “video/x-flv” como el tipo de contenido
- Seleccionar “OK” y listo!
(esto ultimo lo tome de http://it.toolbox.com/blogs/rymoore/adding-flv-mime-type-in-iis-4198)

Bueno, espero que les sirva a los que todavia no nos movemos a Drupal 7 =)

saludos

Solución: sustituir “_swftools_flashvars($action, &$methods, &$vars)” por “_swftools_flashvars($action, $methods, $vars)”. en los siguientes archivos:

/sites/all/modules/swftools/flowplayer/flowplayer.module
/sites/all/modules/swftools/flowplayer3/flowplayer3.module
/sites/all/modules/swftools/genericplayers.module
/sites/all/modules/swftools/imagerotator/imagerotator.module
/sites/all/modules/swftools/onepixelout/onepixelout.module
/sites/all/modules/swftools/simpleviewer/simpleviewer.module
/sites/all/modules/swftools/wijering/wijering.module
/sites/all/modules/swftools/wijering4/wijering4.module

(la solucion la encontre en http://drupal.org/node/646458#comment-2694416)

ahora me esta dando un error 200: Strean Not found, y me marca la ruta “http://misitio/sites/default/file/sites/default/files”

cuando lo solucione lo pongo aca para mantener actualizada la info (y para no olvidarla)